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Registro Completo |
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Biblioteca(s): |
Embrapa Agricultura Digital. |
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Data corrente: |
25/04/2006 |
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Data da última atualização: |
17/01/2020 |
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Tipo da produção científica: |
Resumo em Anais de Congresso |
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Autoria: |
SIMÕES, M.; BAHIA, D.; TORRES, K.; ZERLOTINI NETO, A.; ARTIGUENAVE, F.; FALCAO, P. R. K.; NESHICH, G.; OLIVEIRA, G. |
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Afiliação: |
MARIANA SIMÕES, Fiocruz; DIANA BAHIA, Fiocruz; KLEIDER TORRES, Fiocruz; ADHEMAR ZERLOTINI NETO, CNPTIA; FRANÇOIS ARTIGUENAVE, Fiocruz; PAULA REGINA KUSER FALCAO, CNPTIA; GORAN NESIC, CNPTIA; GUILHERME OLIVEIRA, Fiocruz. |
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Título: |
SNP identification in Schistosoma mansoni expressed genes. |
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Ano de publicação: |
2005 |
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Fonte/Imprenta: |
In: X-MEETING; INTERNATIONAL CONFERENCE OF THE AB3C, 1., 2005, Caxambu. [Proceedings...]. [S.l.]: Associação Brasileira de Bioinformática e Biologia Computacional, 2005. |
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Páginas: |
p. 131. |
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Idioma: |
Inglês |
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Notas: |
X-meeting 2005. Presented Posters. Na publicação: Paula Kuser. |
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Conteúdo: |
Schistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorphisms was conducted and SNPs in the cathepsin B gene, among others, were identified. The quality of the DNA sequences and individual SNPs were assessed by visual inspection with reference to chromatograms. Sixteen SNPs were identified, 44% were transitions and 56% transversions, 62% synonym mutations and 38% non-synonym mutations. The majority of the polymorphisms were in the third codon base. We are now pursuing the characterization of the possible effect of the polymorphisms in the structure of the cathepsin B protein. MenosSchistosomes are parasitic platyhelminths that cause a chronic. often debilitating disease afflicting over 200 million people worldwide. The study of genetic polymorphisms in Schistosomes is important for vaccine and drug development, in addition to the understanding of the genetic structure of populations. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) are the most frequent form of DNA variation, they are abundant and have low mutation rates. SNPs are thought to be the next generation of genetic markers that can be used in many of important biological, genetic, pharmacological and medical applications (Thiel et al, 2004). The aim of this project is to identify in silico SNPs (Useche et al, 2001) in ESTs of Schistosoma mansoni, verify their presence in vaccine and drug target candidates and validate putative SNPs using the cathepsin B gene as a model. The S mansoni cathepin B is a proteolytic enzyme that has been evaluated for development of vaccines and new drugs. It is expressed in the parasite gut and it is believed to function in the digestion of haemoglobin, the main nutrient source for the parasite (Sajid and McKerrow, 2002.) The source of ESTs were 61.002 ESTs generated by Minas Gerais Genome Network, all with quality files base called by Phred (Ewing and Green et al, 2004). The sequences were clustered using Phrap, followed by the identification of putative SNPs applying a novel detection algorithm written by our group, cSNPer. A pre-selection of candidate sequence polymorph... Mostrar Tudo |
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Palavras-Chave: |
Bioinformática; Polimorfismo de nucleotídeo único. |
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Thesagro: |
Schistosoma mansoni. |
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Thesaurus Nal: |
Bioinformatics; Single nucleotide polymorphism. |
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Categoria do assunto: |
X Pesquisa, Tecnologia e Engenharia |
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Marc: |
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Registro original: |
Embrapa Agricultura Digital (CNPTIA) |
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| Registros recuperados : 41 | |
| 5. |  | ARAUJO, E. S.; BRITTO, F. B.; CARVALHO, A. M. F.; ORASMO, G. R.; DINIZ, F. M. Isolation and identification of a new set of microsatellite loci from Ucides cordatus genome. Archives of Biological Science, Belgrade, v. 67, n. 4, p. 1369-1376, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 4 |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 10. | | MENDES, D. S. F.; BRITTO, F. B.; LIMA, P. S. da C.; DINIZ, F. M. Uso de microssatélites ancorados como marcadores para o estudo da diversidade genética do caranguejo-uçá. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 7.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 4.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 5.; SEMINÁRIO DE EXTENSÃO, 1., 2007, Teresina. Produção científica na realidade comtemporânea: anais. Teresina: UESPI-PROP, 2007. 7 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 11. | | BRITTO, F. B.; DINIZ, F. M.; KOBAYASHI, A. K.; LIMA, P. S. C.; ARAÚJO, E. C. E.; BENTZEN, P. Caracterização da estrutura genética do pinhão manso (Jatropha curcas L.): isolamento de fragmentos de dna enriquecidos com sequências de microssatélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 5.; CLÍNICA TECNOLÓGICA EM BIODIESEL, 2., 2008, Lavras. Biodiesel: tecnologia limpa. Revista de Resumos. Lavras: UFLA, 2008. p. 105| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 12. | | BRITTO, F. B.; DINIZ, F. M.; KOBAYASHI, A. K.; LIMA, P. S. C.; ARAÚJO, E. C. E.; BENTZEN, P. Caracterização da estrutura genética do pinhão manso (Jatropha curcas L.): isolamento de fragmentos de dna enriquecidos com sequências de microssatélites. In: CONGRESSO BRASILEIRO DE PLANTAS OLEAGINOSAS, ÓLEOS, GORDURAS E BIODIESEL, 5.; CLÍNICA TECNOLÓGICA EM BIODIESEL, 2., 2008, Lavras. Biodiesel: tecnologia limpa. Anais... Lavras: UFLA, 2008. 8 p.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 13. | | BRITTO, F. B.; VASCO, A. N. do; PEREIRA, A. P. S.; MÉLLO JÚNIOR, A. V.; NOGUEIRA, L. C. Herbicidas no alto Rio Poxim, Sergipe e os riscos de contaminação dos recursos hídricos. Revista Ciência Agronômica, v.43, n. 2, p.390-398, abr./jun. 2012. 8p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 1 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cocais. |
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| 14. | | BARBOSA, F. J. V.; DINIZ, F. M.; COSTA, A. P. R.; BRITTO, F. B.; CLEMENTINO, C. S.; MARTINS, D. M. Caracterização morfo-genética e desempenho de grupos de galinhas naturalizadas no nordeste brasileiro. In: ENCONTRO DE AVALIAÇÃO DO PROGRAMA REDE NORDESTE DE BIOTECNOLOGIA - RENORBIO, 1., 2008, São Paulo. Resumos... São Paulo: RENORBIO, 2008. p.50-51| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 16. | | VASCO, A. N. do; BRITTO, F. B.; PEREIRA, A. P. S.; MÉLLO JÚNIOR, A. V.; GARCIA, C. A. B.; NOGUEIRA, L. C. Avaliação espacial e temporal da qualidade da água na sub-bacia do rio Poxim, Sergipe, Brasil. Revista Ambiente & Água - An Interdisciplinary Journal of Applied Science, Taubaté, SP, v. 6, n. 1, p. 118-130, 2011. 13 p.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: B - 3 |
| Biblioteca(s): Embrapa Cocais. |
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| 17. | | MOURA, V. G. de; SILVA, G. R. da; SOUZA, B. de A.; NUNES, L. A.; BRITTO, F. B.; PEREIRA, F. de M. Assimetria flutuante como bioindicadora de estresse ambiental em Melipona subnitida Ducke. In: JORNADA CIENTIFICA DA EMBRAPA MEIO-NORTE, 6., 2020,Teresina, PI. Anais... Teresina: Embrapa Meio-Norte, 2021. p. 24 (Embrapa Meio-Norte. Documentos, 284).| Tipo: Resumo em Anais de Congresso |
| Biblioteca(s): Embrapa Meio-Norte. |
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| 18. | | AMORIM, M. R.; LIMA, T. C. A.; SILVA, G. R.; ALMEIDA, G. M.; VIEIRA NETO, J. M.; LIMA, P. S. da C.; BRITTO, F. B.; DINIZ, F. M. Comparação de protocolos para extração não letal de DNA em abelhas do gênero Melipona. In: SIMPÓSIO DE PRODUÇÃO CIENTÍFICA, 7.; SEMINÁRIO DE PÓS-GRADUAÇÃO, 4.; SEMINÁRIO DE INICIAÇÃO CIENTÍFICA, 5.; SEMINÁRIO DE EXTENSÃO, 1., 2007, Teresina. Produção científica na realidade comtemporânea: anais. Teresina: UESPI-PROP, 2007. 8 p. 1 CD-ROM.| Tipo: Artigo em Anais de Congresso / Nota Técnica |
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| 19. | | SOUSA, C. C.; GOMES, S. O.; LOPES, A. C. A.; GOMES, R. L. F.; BRITTO, F. B.; LIMA, P. S. C.; VALENTE, S. E. S. Comparison of methods to isolate DNA from Caesalpinia ferrea. Genetics and Molecular Research, v. 13, n. 2, p. 4486-4493, 2014.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 1 |
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| 20. | | RAPOSO, R. da S.; BRITTO, F. B.; SOUZA, I. G. de B; CARVALHO, A. M. F. de; KOBAYASHI, A. K.; LAVIOLA, B. G.; BENTZEN, P.; DINIZ, F. M. Development and use of novel microsatellite markers from double-enriched genomic libraries in Guatemalan Jatropha curcas. Biochemical Systematics and Ecology, v. 59, p. 168-173, 2015.| Tipo: Artigo em Periódico Indexado | Circulação/Nível: A - 2 |
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